Artenzusammensetzung, Abundanz und Altersstruktur der Fische spiegeln die großräumige Ausstattung mit für verschiedene Lebensstadien wichtigen Habitatstrukturen sowie die Durchwanderbarkeit der Gewässer wider. Auch Abflussveränderungen (Aufstau, Entnahme, Ausleitung) und thermische Belastungen haben einen Einfluss auf die Artenzusammensetzung. Im Rahmen des Programms „Rhein 2020“ wurde in den Jahren 2012 bis 2013 die Fischfauna auf der gesamten Länge des Rheins untersucht. Mit insgesamt 64 Fischarten (inklusive Rundmäuler wie Fluss- und Meerneunauge) ist die Vielfalt in der Fischfauna des Rheins heute hoch. Alle historisch belegten Arten können nachgewiesen werden, mit Ausnahme des Atlantischen Störs.
