Die internationale Zusammenarbeit zum Schutz des Rheins wird auf der Arbeitsebene durch Delegierte ausgeführt, die von jeder Vertragspartei benannt werden. An der Spitze jeder nationalen Delegation steht der/die Delegationsleiter/in.
Basis der Zusammenarbeit sind das Übereinkommen zum Schutz des Rheins sowie europäische Richtlinien oder Verordnungen, die eine Koordinierung in Flussgebietseinheiten erfordern.
Die deutsche Delegation in der IKSR setzt sich zusammen aus Vertretern der folgenden Ministerien:
Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz und nukleare Sicherheit
Bundesministerium für Verkehr und digitale Infrastruktur
sowie aus Vertretern der Länder im deutschen Rheineinzugsgebiet.
Die Delegation der Europäischen Gemeinschaft in der IKSR setzt sich zusammen aus Vertretern der DG ENV der Europäischen Kommission.
Die französische Delegation in der IKSR setzt sich zusammen aus Vertretern der folgenden Ministerien:
Ministère des Affaires Etrangères
Ministère de la Transition écologique et solidaire
sowie aus Vertretern der Agence de l’eau Rhin-Meuse.
Die luxemburgische Delegation in der IKSR setzt sich zusammen aus Vertretern der folgenden Ministerien:
Ministère de L'Environnement,du Climat et du Développement durable.
Die niederländische Delegation in der IKSR setzt sich zusammen aus Vertretern der folgenden Ministerien:
Ministerie van Infrastructuur en Waterstaat
Ministerie van Buitenlandse Zaken.
Die schweizerische Delegation in der IKSR setzt sich zusammen aus Vertretern der folgenden Ministerien:
Eidgenössisches Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation