ab 2000
Am 1. November 1993 wurde der Umwelt- und Gewässerschutz über den Maastrichter Vertrag erstmals in den Zielen der Europäischen Union verankert.
Bei der Ausarbeitung flussgebietsbezogener EU-Richtlinien im Umwelt- und Gewässerschutz standen die Erfahrungen der IKSR im internationalen Gewässerschutz Pate.
Am 22. Dezember 2000 trat die europäische Wasserrahmenrichtlinie in Kraft, die das am Rhein erprobte Prinzip des integrierten Wassermanagements fortführt und deren Verpflichtungen für alle EU-Mitgliedstaaten bindend sind. Ziel der Wasserrahmenrichtlinie ist, in allen Gewässern bis 2015 den guten Zustand zu erreichen.
Die Schweiz als Nicht-EU-Staat hat sich im Januar 2001 bereit erklärt, innerhalb der IKSR die EU-Mitgliedstaaten bei der flussgebietsweiten Koordinierung auf der Basis ihres nationalen Rechts zu unterstützen.
Zum gleichen Zeitpunkt ist für die koordinierte Umsetzung von EU-Richtlinien im internationalen Rheineinzugsgebiet in der IKSR - unter Einbindung der im Rheineinzugsgebiet liegenden Staaten Liechtenstein, Österreich und Belgien (Wallonien), die keine Vertragsparteien der IKSR sind,- eine gemeinsame Arbeitsplattform, das Koordinierungskomitee Rhein, geschaffen worden.
Dezember 2000 Inkrafttreten der EG - Wasserrahmenrichtlinie (2000/60/EG)
Januar 2001 Rhein-Ministerkonferenz 2001 – Beschluss „Programm zur nachhaltigen Entwicklung des Rheins –Rhein 2020“ (IKSR + WRRL)
Januar 2003 Inkrafttreten des Übereinkommens zum Schutz des Rheins
Dezember 2006 Inkrafttreten der EU-Grundwasserrichtlinie 2006/118/EG
Oktober 2007 Rhein-Ministerkonferenz 2007
November 2007 Inkrafttreten der EU-Hochwasserrisikomanagementrichtlinie (2007/60/EG)
Januar 2009 Inkrafttreten der EU-Richtlinie zu Umweltqualitätsnormen im Bereich der Wasserpolitik „Prioritäre Stoffe“ (2008/105/EG)
August 2013 Inkrafttreten der EU-Richtlinie zur Änderung der Richtlinien 2000/60/EG und 2008/105/EG in Bezug auf prioritäre Stoffe im Bereich der Wasserpolitik (2013/39/EU)
Juni 2014 RICHTLINIE 2014/80/EU DER KOMMISSION vom 20. Juni 2014 zur Änderung von Anhang II der Richtlinie 2006/118/EG des Europäischen Parlaments und des Rates zum Schutz des Grundwassers vor Verschmutzung und Verschlechterung