Die natürliche Trübung der Flüsse durch Schwebstoffe wird oft fälschlicherweise als Verschmutzung bewertet. Die wahre Schwebstoffbelastung entsteht durch die Bindung (Adsorption) von Schadstoffen an die Schwebstoffe. Die Schadstoffe gelangen, gelöst oder an Partikel gebunden, über die Atmosphäre, durch Abschwemmung, Auswaschung und durch Erosion in den Rhein. Außerdem werden durch Hochwasser oder durch Ausbaggerung alte, belastete Sedimente aufgewirbelt und weiter flussabwärts transportiert.
Die Menge der Schadstoffe, die mit den Schwebstoffen transportiert wird, macht einen großen Teil der Gesamtmenge der vom Rhein transportierten organischen und anorganischen Stoffe aus.
Die IKSR hat 2009 einen Sedimentmanagementplan aufgestellt, um die Schwebstoff- und damit auch die Sedimentbelastung zu verringern.
2027 soll zudem ein Konzept für ein quantitatives Sedimentmanagement erarbeitet werden.
Die HCB-(Hexachlorbenzol)-Gehalte stammen vor allem aus einer heute stillgelegten Chemiefabrik bei Rheinfelden, in der diese Substanz als Nebenprodukt auftrat. Obwohl dieser langlebige organische Schadstoff in den Rheinanliegerstaaten längst verboten ist, findet er sich - vor allem am Oberrhein - noch immer in Schwebstoffen, Sedimenten und Fischen. Die HCB-Gehalte nehmen vom Oberrhein (Weil am Rhein) bis zur deutsch-niederländischen Grenze bei Bimmen-Lobith ab.
Blei (Pb) gelangte durch Tetraethylblei – früher als Antiklopfmittel in Benzinen eingesetzt - über die Autoabgase und die Atmosphäre in den Rhein. Aufgrund seiner Giftigkeit wurde Tetraethylblei Anfang der 1990er Jahre ersetzt und die Bleigehalte der Schwebstoffe nehmen seitdem kontinuierlich ab. Stoffe, die wie Blei über die Atmosphäre eingetragen werden, reichern (akkumulieren) sich flussabwärts in den Schwebstoffen an.