Ziel des Programms „Rhein 2040“ ist eine gute Wasserqualität. Das Rheinwasser soll so sauber sein, dass daraus mit möglichst einfachen und naturnahen Verfahren Trinkwasser gewonnen werden kann. Auch Schwebstoffe, Sedimente, Pflanzen und Tiere sollen unbelastet sein. Dazu wurden sechs Teilziele formuliert, die unter anderem durch die nachfolgend aufgeführten Maßnahmen umgesetzt werden sollen.
1. Nährstoffeinträge reduzieren
2. Einträge von Mikroverunreinigungen um mindestens 30 % reduzieren
3. Schadstoffbelastung reduzieren
4. Sedimentqualität verbessern
5. Warn- und Alarmplan zukunftsweisend betreiben
6. Abfall und Plastik verringern