1986 - 2000
Nach dem Störfall von Sandoz und mit dem wachsenden öffentlichen Umweltbewusstsein brachen für die IKSR intensive und erfolgreiche Jahre an.
Innerhalb kurzer Zeit wurden drei Ministerkonferenzen einberufen, die 1987 in der Verabschiedung des Aktionsprogramms Rhein mündeten. Dieses hatte zum Ziel, die Wasserqualität so weit zu verbessern, dass früher im Rhein heimische Fischarten wie zum Beispiel der Lachs wieder zurückkehren können. Das Aktionsprogramm Rhein führte zu deutlich strengeren Anforderungen an kommunale und industrielle Kläranlagen und zur Einführung der 3. Reinigungsstufe zur Eliminierung von Phosphor und Nitrat. Die erste Bilanz 1992 belegte bereits enorme Schadstoffreduzierungen. Gleichzeitig sollten mit der Verbesserung der chemischen Wasserqualität das gesamte Ökosystem aufgewertet und Flora und Fauna gestärkt werden.
Zwei katastrophale Hochwasserereignisse Weihnachten 1993 und Januar/Februar 1995 haben dazu geführt, dass die EU-Umweltminister die Flusskommissionen für Rhein, Mosel-Saar und Maas mit der Ausarbeitung von Aktionsplänen Hochwasser beauftragt haben.
Zwischen 1987 und 1999 entwickelte die IKSR auf diese Weise ein umfassendes grenzüberschreitendes Wassermanagement, das qualitative und quantitative Aspekte für die Oberflächengewässer und das Grundwasser insgesamt integrierte und seither vielen Flussgebieten weltweit Pate gestanden hat.
Das Prinzip der Integration bezieht die Bereiche Industrie, Landwirtschaft, Schifffahrt, Energie und Kommunen entscheidend in den Gewässerschutz mit ein, denn alle Nutzungen haben Auswirkungen auf Zustand und Menge des Rheinwassers. Motiviert wurden die Vertreter/innen der unterschiedlichen Sektoren u.a. durch die deutlichen Forderungen der Bürger und Bürgerinnen nach mehr ökologischem Verantwortungsbewusstsein der Wirtschaft.
Alle neuen, zusätzlichen Ziele fanden Eingang in das neue Rheinübereinkommen (1999), dessen Titel „Übereinkommen für den Schutz des Rheins“ den Gedanken des umfassenden, integrierenden Managementansatzes widerspiegelt.
1986 Zwei Ministertreffen, um die Leitlinien des Aktionsprogramms Rhein festzulegen
1987 Ministerbeschluss zur Umsetzung des Aktionsprogramms Rhein
1994 Ministerbeschluss zu Leitlinien für ein neues Rhein-Übereinkommen
1995 Ministerauftrag zur Ausarbeitung eines "Aktionsplans Hochwasser"
1998 Rheinministerkonferenz, Verabschiedung des Aktionsplans Hochwasser, Genehmigung des Textes des neuen Rheinübereinkommens
1999 Unterzeichnung des neuen Rheinübereinkommens