Die Wiederherstellung der ökologischen Durchgängigkeit des Rheins vom Bodensee bis zur Nordsee sowie der vorrangig wieder zu besiedelnden Nebenflüsse ist Ziel des Programms „Rhein 2040“ und wurde im „Masterplan Wanderfische Rhein“ präzisiert. Die Wiederherstellung der ökologischen Durchgängigkeit ist auch Ziel des „Biotopverbundes am Rhein“.
Sind die zusammenhängenden Lebensräume des Rheins und seiner Nebenflüsse „ökologisch durchgängig“, können sich Tiere stromaufwärts und stromabwärts bewegen und Pflanzen können verdriftet werden. Nach etwaigen extremen Situationen wie Hoch- und Niedrigwasser können sie - vom Ober- oder Unterlauf oder aus benachbarten Gewässern kommend - betroffene Gebiete neu besiedeln. Für das Ökosystem Rhein ist die ökologische Durchgängigkeit daher ein sehr wichtiges Funktionsmerkmal.
Querbauwerke wie Brücken, Verrohrungen, Wehre oder Staudämme können eine Wanderung im Gewässer erschweren oder völlig verhindern. Besonders deutlich wird das am Beispiel von Wanderfischarten, die im Laufe ihres Lebens zwischen den Oberläufen der Süßgewässer und dem Meer wandern müssen, um sich fortpflanzen zu können. Bei Stauhaltungen können Umgehungsgewässer oder Aufstiegshilfen wie unter anderem Fischpässe, die ökologische Durchgängigkeit erhalten oder verbessern.
dass Fische den Rhein hinauf bis in die Kinzig im Schwarzwald wandern können?
Dies ist seit der Fertigstellung des Fischpasses in Gambsheim 2006 wieder möglich. Das IKSR-Programm „Rhein 2020 – Lachs 2020“ zielt auf die Wiederherstellung der Durchgängigkeit des Oberrheins für Fische bis hinein in die Schweiz.