Ein weiterer Vorläufer von „Rhein 2040“ und „Rhein 2020“ im Bereich der Ökologie und Fischdurchgängigkeit war das Programm „Lachs 2000“, als Teil des „Aktionsprogramms Rhein“ (1987-2000). Dieses wurde als „Lachs 2020“ fortgeschrieben und in das Programm „Rhein 2020“ integriert.
Um die Jahrtausendwende konnten auch im Bereich der Fischfauna erste Erfolge vermeldet werden: