Um zu beurteilen, welche Nutzungen den guten Zustand der Gewässer gefährden, haben die Staaten 2004 die wichtigsten Gewässernutzungen im Rahmen einer Bestandsaufnahme näher untersucht und Vorhersagen über deren zukünftige Entwicklung angestellt.
Bei der Auswahl von Schutzmaßnahmen ist abzuwägen, wie die Umweltziele bestmöglich und kosteneffizient erreicht werden können. Dieses Abwägen kann womöglich auch dazu führen, dass bestimmte Nutzungen zu Gunsten des Gewässerschutzes eingeschränkt werden können.
Wenngleich viele bauliche Veränderungen aus Nutzungsgründen nicht rückgängig gemacht werden können, sollen die betroffenen Gewässer ökologisch so weit wie möglich aufgewertet werden. Erreicht werden soll der bestmögliche Zustand, den die bestehenden Nutzungen zulassen.