Dank der vorbildlichen Zusammenarbeit in den letzten 6 Jahrzehnten und als Resultat zahlreicher Maßnahmen der IKSR-Staaten haben sich der ökologische Zustand und die Wasserqualität des Rheins deutlich verbessert.
Die meisten der im Programm für die nachhaltige Entwicklung des Rheins – „Rhein 2020“ - der IKSR formulierten Ziele für die ökologische Aufwertung des Rheinstroms bis 2020 sind erreicht worden.
Durch eine Verringerung der Verschmutzung durch punktuelle Schad- und Nährstoffeinleitungen aus Industrie und Kommunen hat die Belastung mit Schwermetallen und anderen Schadstoffen im Rhein abgenommen. Der Sauerstoffgehalt des Rheinwassers ist wieder angestiegen.
Hochwasser und Niedrigwasser sind natürliche Schwankungen des Wasserstandes in Fließgewässern, die durch unterschiedliche Wetterverhältnisse hervorgerufen werden und zum Wesen eines Flusses gehören. Wenn Menschen und ihre Nutzungen den Gewässern zu nahe kommen, können bei Hochwasser Schäden entstehen. Hochwasservorsorge aber auch Niedrigwasserprobleme sind weitere wichtige Themen für die IKSR.