Zum Wohl des Rheins und aller ihm zufließenden Gewässer kooperieren die Mitglieder der Internationalen Kommission zum Schutz des Rheins (IKSR) – Schweiz, Frankreich, Deutschland, Luxemburg, die Niederlande und die Europäische Kommission – erfolgreich mit Österreich, Liechtenstein und der belgischen Region Wallonien sowie Italien. Neun Staaten bzw. Regionen im Einzugsgebiet des Rheins arbeiten eng zusammen, um die vielfältigen Nutzungs- und Schutzinteressen im Rheingebiet auszugleichen. Die Schwerpunkte der Arbeit sind die nachhaltige Entwicklung des Rheins, seiner Auen und der gute Zustand aller Gewässer im Einzugsgebiet.
Arbeits- und Expertengruppen mit festgelegtem Mandat bearbeiten alle anstehenden Fachfragen, die sich aus der Umsetzung des Übereinkommens zum Schutz des Rheins und aus dem europäischen Recht ergeben. Beschlüsse werden einmal jährlich in der Plenarsitzung gefasst. Die Rhein-Ministerkonferenz fasst Beschlüsse in politisch wichtigen Fragen und legt die Grundlage für kohärente, aufeinander abgestimmte Maßnahmenprogramme.
Die Aktivitäten der IKSR hatten in den 90er Jahren des letzten Jahrhunderts Modellcharakter für viele andere Flusseinzugsgebiete.
Auch für die Wasserrahmenrichtlinie sowie für die Hochwasserrichtlinie der EU stand die Zusammenarbeit am Rhein Pate.
Am 1. Januar 2023 hat Deutschland die Präsidentschaft der IKSR von der Europäischen Union übernommen. Neue Präsidentin ist Dr. Miriam Haritz. Sie löst damit Veronica Manfredi von der Europäischen Union ab und wird das Amt der Präsidentin bis Ende 2025 ausüben. Miriam Haritz leitet die Unterabteilung "Wasserwirtschaft, Gewässerschutz, Bodenschutz" im deutschen Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz, nukleare Sicherheit und Verbraucherschutz.