Die Grundlage der internationalen Zusammenarbeit zum Schutz des Rheins im Rahmen der IKSR ist das Übereinkommen zum Schutz des Rheins (PDF 35kB). Es wurde am 12. April 1999 von Vertretern der Regierungen der fünf Rheinanliegerstaaten Frankreich, Deutschland, Luxemburg, Niederlande und Schweiz sowie der Europäischen Gemeinschaft unterzeichnet. Damit bekräftigten sie formal, den wertvollen Charakter des Rheins sowie seiner Ufer und Auen durch verstärkte Zusammenarbeit künftig weiter zu schützen.
Neben anderen Zielen steht vor allem die Erhaltung, Verbesserung und nachhaltige Entwicklung des Ökosystems Rhein im Mittelpunkt des Übereinkommens. Dieses Ziel wurde vor dem Hintergrund vereinbart, dass der Rhein ein bedeutender europäischer Schifffahrtsweg ist und auch künftig unterschiedliche Nutzungen dienen soll.
Die Sanierung des Rheins gewinnt in Hinblick auf die Erhaltung und Verbesserung der Nordsee eine weitere internationale Dimension.
Das 1999 unterzeichnete Übereinkommen ersetzt den Berner Vertrag von 1963 sowie das Chemieübereinkommen von 1976 und wird durch die Geschäfts- und Finanzordnung der IKSR (PDF 203kB) ergänzt. Die Zusammenarbeit der IKSR mit dem Koordinierungskomitee Rhein, in dem alle Staaten des Rheineinzugsgebietes vertreten sind, ist in einer eigenen Geschäfts- und Finanzordnung geregelt.
Die internationale Geschäftsstelle für die Umsetzung des Übereinkommens ist das internationale Sekretariat der IKSR in Koblenz, Deutschland.