Der Vorsitz der Kommission wechselt alle drei Jahre. Einmal jährlich findet zeitgleich mit dem Koordinierungskomitee Rhein die Plenarsitzung statt. Sie ist das Gremium, das Beschlüsse fasst. Für die Strategiegruppe, die die Plenarsitzung vorbereitet, bearbeiten Arbeits- und Expertengruppen mit ständigem oder befristetem Mandat alle anstehenden Fachfragen. Hierzu gehören die Bereiche Wasserqualität und Emissionen einschließlich Grundwasser, Ökologie, sowie Hochwasser und Niedrigwasser. Expertengruppen unterstützen die Gruppen in ihrer Arbeit. Darüber hinaus stehen den internationalen Arbeitsgruppen auch national tätige Ausschüsse zur Seite.

Die Rhein-Ministerkonferenzen fassen in politisch wichtigen Fragen Beschlüsse, die für die Regierungen bindend sind.

Die aktuelle Arbeitsstruktur für die Umsetzung des Übereinkommens zum Schutz des Rheins und für die Koordinierung der europäischen Richtlinien in der internationalen Flussgebietseinheit Rhein zeigt folgendes Organigramm: