Het voorzitterschap van de Commissie rouleert om de drie jaar. Een keer per jaar vindt, tegelijkertijd met de bijeenkomst van het Coördineringscomité Rijn, de Plenaire Vergadering plaats. De Plenaire Vergadering is het hoogste besluitvormend orgaan, waarvan de beslissingen worden voorbereid door de Strategiegroep, die op haar beurt input krijgt uit de werk- en expertgroepen. Deze overleggroepen werken op basis van een tijdelijk onbeperkt of beperkt mandaat en behandelen alle inhoudelijke vraagstukken met betrekking tot waterkwaliteit en emissies (inclusief grondwater), ecologie evenals hoogwater en laagwater. Expertgroepen ondersteunen de werkzaamheden van de werkgroepen. De internationale werkgroepen worden tevens bijgestaan door nationale comités.

Tijdens de Rijnministerconferenties worden besluiten genomen over belangrijke politieke kwesties. Deze besluiten zijn bindend voor de regeringen.

Op het onderstaande organigram ziet u de huidige werkstructuur voor de uitvoering van het Verdrag ter Bescherming van de Rijn en voor de coördinatie van de implementatie van de Europese richtlijnen in het internationaal Rijndistrict: