Het doel van het programma "Rijn 2040" is een gezond ecosysteem Rijn, dat over een grote soortendiversiteit beschikt en voor dieren passeerbaar is. Hiertoe zijn vier subdoelstellingen geformuleerd, die onder andere via de hieronder genoemde maatregelen moeten worden geïmplementeerd.
1. Ecologische passeerbaarheid herstellen
2. Biotoopnetwerk Rijn herstellen
3. Sedimenthuishouding verbeteren
4. Temperatuur- en zuurstofomstandigheden stabiliseren