Vissen weerspiegelen de verontreiniging van het sediment en het gehele aquatische ecosysteem en geven met name een beeld van de accumulatie van contaminanten in de voedselketen.
De ICBR heeft in de jaren 2014 en 2015 een eerste gemeenschappelijke onderzoeksprogramma naar de verontreiniging van biota (vissen) met schadelijke stoffen in het Rijnstroomgebied uitgevoerd (ICBR-rapport 216). Het Fraunhofer Instituut heeft deze pilot samen met de ICBR geëvalueerd. In ICBR-rapport 252 wordt er een eerste vergelijkende overzicht gegeven van de verontreinigingssituatie van biota in het Rijnstroomgebied.
Op de meeste meetlocaties lag de kwikverontreiniging boven de milieukwaliteitseis voor biota (MKE). Ook voor perfluoroctaansulfonaat (PFOS) is voor minstens één vissoort een overschrijding van de MKE waargenomen. De MKE's voor dioxinen, furanen en dioxineachtige polychloorbifenylen (PCB's) werden op de onderzochte meetlocaties nageleefd. Polybroomdifenylethers (PBDE) lagen in alle monsters duidelijk boven de MKE. De concentratie van de gebromeerde vlamvertrager hexabroomcyclododecaan (HBCDD) lag altijd ver onder de MKE.
Bij de evaluatie is duidelijk geworden dat ook de voorstellen voor de meting op basis van de opgedane ervaringen zouden moeten worden aangepast. Om de resultaten ook in de toekomst vergelijkbaar te maken, kunnen de staten dit herziene concept gebruiken voor hun eigen geplande biotametingen (ICBR-rapport 259).
De verontreiniging van biota wordt eveneens onderzocht in het kader van het internationaal gecoördineerde stroomgebiedbeheerplan. Uit het beheerplan 2022-2027 blijkt dat er sprake is van wijdverspreide tot gebiedsdekkende overschrijdingen van de MKE's voor biota, met name voor kwik, gebromeerde difenylethers, heptachloor en heptachloorepoxide, fluorantheen en PFOS. Het gaat hierbij voornamelijk om ubiquitaire stoffen. In richtlijn 2013/39/EU zijn enkele “persistente, bioaccumulerende en toxische stoffen (PBT's) en andere stoffen die zich gedragen als PBT's” aangewezen als “ubiquitaire stoffen”, wat betekent dat ze decennialang in het aquatische milieu kunnen voorkomen in hoeveelheden die een groot risico vormen, ook als er al omvangrijke maatregelen zijn genomen om emissies van dergelijke stoffen te verminderen of te stoppen.