Nagenoeg overal in het Rijnstroomgebied is er voldoende grondwater beschikbaar. Problemen als gevolg van verlaagde grondwaterstanden doen zich alleen voor in het Moezel/Saargebied en aan de Duitse Nederrijn, vooral in mijngebieden (zie de kaart 22 in het beheerplan van 2021).
Met de chemische toestand van het grondwater is het erger gesteld (zie de kaarten 24 en 25 in het beheerplan van 2021). Bijna overal in het Rijnstroomgebied zijn er delen van het grondwater bedreigd. Het grondwater kan lokaal worden aangetast door historische verontreinigingen of ongevallen met voor het water gevaarlijke stoffen, maar veel problematischer zijn grootschalige verontreinigingen met voornamelijk nitraat en gewasbeschermingsmiddelen uit landbouwgebieden. Om de uitspoeling van nitraat te voorkomen of ten minste te reduceren, moet het gebruik ervan in de landbouw verder worden verbeterd. Hetzelfde geldt voor gewasbeschermingsmiddelen.