Het doel van het programma "Rijn 2040" is een goede waterkwaliteit. Het Rijnwater moet zo schoon zijn dat er met zo eenvoudig en natuurlijk mogelijke methodes drinkwater uit kan worden gewonnen. Ook zwevend stof, sedimenten, planten en dieren mogen niet verontreinigd zijn. Hiertoe zijn zes subdoelstellingen geformuleerd, die onder andere via de hieronder genoemde maatregelen moeten worden geïmplementeerd.
1. Emissies van nutriënten verminderen
2. Emissies van microverontreinigingen met minstens 30% verminderen
3. Verontreiniging met schadelijke stoffen verminderen
4. Sedimentkwaliteit verbeteren
5. Waarschuwings- en Alarmplan toekomstgericht beheren
6. Afval en plastics verminderen