Dankzij de voorbeeldige samenwerking tussen de Rijnoeverstaten van de ICBR is de ecologische toestand van de Rijn en zijn zijrivieren verder verbeterd. Uit de balans van het in 2001 vastgestelde programma Rijn 2020 blijkt dat veel doelen bereikt of in uitvoering zijn.
Uiterwaarden van de Rijn worden weer overstroomd, oude strangen zijn weer aangetakt aan de rivier en over kleine trajecten is de structuurrijkdom in de oeverzone verhoogd. Het aantal planten- en diersoorten is gestegen en de zalm en andere trekvissen kunnen sinds 2016 vanuit de Noordzee tot het gebied ten zuiden van Straatsburg stroomopwaarts zwemmen in de Rijn.
Ook het aaneenschakelen van de verschillende leefgebieden langs de Rijn tot een samenhangend biotoopnetwerk van het Bodenmeer tot de zee verloopt succesvol. In de aanpak die de ICBR hiervoor heeft ontwikkeld, zijn er concrete doelen gesteld en prioritaire gebieden aangewezen. Water-, natuur- en hoogwaterbescherming worden hierin met elkaar verbonden.
Echter, ondanks de behaalde successen voldoet de ecologische functionaliteit van het Rijnsysteem nog niet helemaal aan de verwachtingen. Vooral de ecologische passeerbaarheid van de Rijn (van de waterval in de Rijn tot de zee) en de zijrivieren is nog voor verbetering vatbaar. Andere doelstellingen zijn de verhoging van de structuurrijkdom in de oeverzone van de Rijn en de Rijntakken (Rijn 2020, balans) en de verruiming van de uiterwaarden.
Voor het herstel van de ecologische passeerbaarheid van de Rijn en zijn zijrivieren heeft de ICBR in 2009 een “Masterplan trekvissen Rijn” ontwikkeld, dat in 2018 is geactualiseerd. Informatie over de uitgevoerde maatregelen voor trekvissen in het Rijnstroomgebied is te vinden in het internationaal gecoördineerd stroomgebiedbeheerplan 2022-2027 van het internationaal stroomgebieddistrict Rijn.
De ecologische ruggensteun van deze maatregelen is nodig, omdat veel waterbouwkundige maatregelen aan de Rijn zelf en aan bijna alle zijrivieren de hydrologische en morfologische omstandigheden ingrijpend hebben veranderd. Het aftakken van meer dan 85% van de uiterwaarden aan de Duits-Franse Bovenrijn en de Duitse Nederrijn heeft bijvoorbeeld geleid tot een immens verlies van leefgebieden en voor de Rijn kenmerkende fauna en flora.
Dat bepaalde doelen van het programma Rijn 2020 niet zijn bereikt, betekent dat er in het kader van het ICBR-programma Rijn 2040, dat in 2020 tijdens de zestiende Rijnministersconferentie is aangenomen, verdere inspanningen moeten worden ondernomen.
het ecosysteem van de Rijn kan worden vergeleken met een mozaïek?
De 1.233 km lange stroom is op geen enkele plaats hetzelfde. De eigenschappen van het water en de rivierbedding veranderen in de loop van de rivier, wat ervoor zorgt dat ook de soortensamenstelling van de honderden planten en dieren die zich thuis voelen in en aan de Rijn en zijn zijrivieren voortdurend varieert.