Om te kunnen beoordelen welke gebruiksfuncties de goede toestand van de wateren in gevaar brengen, hebben de staten in 2004 de belangrijkste gebruiksfuncties van het water nader onderzocht in het kader van een inventarisatie, en daarbij uitspraken gedaan over de toekomstige ontwikkeling van deze functies.
Bij de selectie van beschermingsmaatregelen moet erover worden nagedacht hoe de milieudoelstellingen het best en meest kosteneffectief kunnen worden bereikt. Deze afweging kan er mogelijkerwijs ook toe leiden dat bepaalde gebruiksfuncties worden beperkt ten voordele van de waterbescherming.
Ook al kunnen veel waterbouwkundige veranderingen vanwege de gebruiksfuncties die ze vervullen niet ongedaan worden gemaakt, toch moeten de wateren die deze ingrepen hebben ondergaan ecologisch gezien zo volledig mogelijk worden hersteld. Er dient te worden gestreefd naar de best mogelijke toestand die de bestaande gebruiksfuncties toelaten.