De toestand van de Rijn wordt van Zwitserland tot Nederland gemonitord. De meetlocaties van het Rijnmeetprogramma chemie staan op de kaart van het Rijnstroomgebied (hieronder).
De biologische monitoring en classificatie van het voorkomen van waterplanten, algen, vissen en ongewerveld macrozoöbenthos is ook een uitermate belangrijk onderdeel van de controle van de toestand. In het onderzoek wordt ook rekening gehouden met bepaalde kenmerken van de wateren, zoals de hydromorfologie (ecomorfologische kwaliteit).
ruim honderd stoffen regelmatig worden gemeten en beoordeeld in het water en het zwevend stof?
Daarbij gaat het onder andere om nutriënten, zware metalen en organische microverontreinigingen.