De internationale samenwerking ter bescherming van de Rijn in het kader van de ICBR is gebaseerd op het Verdrag inzake de Bescherming van de Rijn (ook wel: Rijnverdrag) (pdf 35 kB). Dit Verdrag werd op 12 april 1999 ondertekend door regeringsvertegenwoordigers van de vijf Rijnoeverstaten Frankrijk, Duitsland, Luxemburg, Nederland en Zwitserland en door een afgevaardigde van de Europese Gemeenschap.
In het Verdrag hebben de ondertekenaars formeel bevestigd het waardevolle karakter van de Rijn, zijn oevers en uiterwaarden in de toekomst te zullen blijven beschermen door nauwer samen te werken.
Met het Verdrag worden verschillende doelen nagestreefd, maar centraal staan het behoud, de verbetering en de duurzame ontwikkeling van het ecosysteem van de Rijn. Deze doelstellingen zijn vastgelegd in het licht van het belang van de Rijn als Europese waterweg en rekening houdend met de noodzaak de rivier ook in de toekomst nog voor verschillende doeleinden te gebruiken. Het behoud en de verbetering van de kwaliteit van de Noordzee geven de sanering van de Rijn nog een extra, internationale dimensie.
Het Rijnverdrag (ondertekend in 1999) vervangt het Verdrag van Bern uit 1963 en het Chemieverdrag uit 1976 en wordt aangevuld door het Huishoudelijk en Financieel Reglement van de ICBR (pdf 54 kB). De samenwerking tussen de ICBR en het Coördineringscomité Rijn, waarin alle staten van het Rijnstroomgebied zijn vertegenwoordigd, is geregeld in een eigen huishoudelijk en financieel reglement.
De uitvoering van het Verdrag wordt gecoördineerd door het internationale secretariaat van de ICBR met zetel te Koblenz, Duitsland.