Alle velden, weilanden en wijngaarden wateren via het grond- en oppervlaktewater af op de Rijn. Te intensieve en ondoelmatige landbouw kan de wateren en de levensgemeenschappen daarin op veel manieren aantasten, vooral door de lozing van nutriënten en gewasbeschermingsmiddelen.
Diffuse bronnen van nutriënten en verontreinigende stoffen controleren, is moeilijk. Een te hoge dosering van meststoffen, die bijv. buiten de groeiperiodes worden verspreid en helemaal niet of slechts gedeeltelijk door de planten worden opgenomen, leidt tot een nutriëntenoverschot. De rest sijpelt weg naar het grondwater of wordt bovengronds afgespoeld. Vanuit waterbeschermingsoogpunt wordt vooral rijenbouw van groenten, maïs, suikerbiet en wijn, die de bodem amper bedekt, kritisch bekeken.
Biologische landbouw die meer rekening houdt met het milieu vormt naast andere maatregelen ter bescherming van de wateren een goede oplossing voor dit probleem. Biolandbouw is gericht op gesloten stofkringlopen, aan het gebied aangepaste veebezetting en evenwichtsbemesting, en draagt derhalve bij tot de realisatie van de doelen van de water- en natuurbescherming.
De ministers van de Rijnoeverstaten die bevoegd zijn voor de bescherming van de Rijn hebben in 2007 opnieuw geëist dat de lozingen van verontreinigende stoffen en stikstofverbindingen uit met name diffuse bronnen, zoals de landbouw, verder moeten worden gereduceerd om de menselijke gezondheid, het ecosysteem of het gebruik van dit systeem niet langer in gevaar te brengen.
de helft van het oppervlak van het stroomgebied van de Rijn wordt ingenomen door landbouw?