Toutes les eaux de surface et les eaux souterraines des champs, prairies et vignobles sont drainées vers le Rhin. Une agriculture trop intensive et non respectueuse des bonnes pratiques peut polluer les eaux et les biocénoses aquatiques, notamment par le biais des apports de nutriments et de pesticides.
Le contrôle des sources diffuses de nutriments et de polluants est un exercice difficile. Les excédents de nutriments sont dus à un dosage trop élevé d’engrais, par ex. quand ils sont épandus en dehors des périodes de croissance végétale et ne sont pas ou sont peu absorbés par les plantes. Les quantités excédentaires s’infiltrent dans les eaux usées ou ruissellent en surface. Sous l’angle de la protection des eaux, le labourage de cultures en ligne à faible couverture végétale, comme les cultures légumières, le maïs, la betterave à sucre et la viticulture, est jugé particulièrement critique.
Entre autres mesures de protection des eaux, les pratiques agricoles plus naturelles et écologiques contribuent à solutionner ce type de pressions. En promouvant le recyclage des substances, une densité de bétail adaptée aux surfaces et une fertilisation conforme aux besoins, ce mode agricole satisfait aux objectifs de protection des eaux et de la nature.
En 2007, les ministres des Etats riverains du Rhin compétents pour le Rhin ont réaffirmé leur volonté de renforcer la réduction des apports de substances polluantes et de composés azotés, notamment d’origine diffuse, par ex. les apports agricoles, afin que ces apports ne menacent pas la santé humaine ni l’écosystème et ses usages.