Dans le domaine de la restauration de l’écosystème Rhin, le programme de la CIPR « Rhin 2040 » se fixe pour objectif de rétablir l’ancien entrelacement de biotopes caractéristiques du milieu rhénan (réseau de biotopes) et la continuité écologique du Rhin depuis le lac de Constance jusqu’à la mer du Nord ainsi que des affluents figurant dans le programme sur les poissons migrateurs. Rhin 2040 mentionne notamment les objectifs suivantes :
Stabiliser les conditions de température et d'oxygénation
Il est prévu concrètement d’ici 2040 de redynamiser 200 km² de zones alluviales le long du Rhin et dans la plaine rhénane, de remettre en connexion avec le Rhin 100 anciens bras et affluents et d'accroître la diversité morphologique sur 400 km de berges.
Les nombreux aménagements réalisés sur le Rhin même et sur presque tous ses affluents pour la navigation, la production hydroélectrique et la prévention des inondations ont fondamentalement modifié le régime hydrologique et les conditions morphologiques. Plus de 85 pour cent des zones alluviales sur le Rhin supérieur et le Rhin inférieur ont été coupés du fleuve, entraînant une perte considérable d’habitats et d’espèces animales et végétales typiques du milieu rhénan.