à partir de 2000
Le 1er novembre 1993, la protection de l'environnement et des eaux est ancrée pour la première fois dans les objectifs de la Communauté Européenne, à travers le Traité de Maastricht.
L'expérience de la CIPR en matière de politique internationale de protection des eaux est mise à profit dans l'élaboration de directives communautaires sur la protection de l'environnement et des eaux dans des bassins fluviaux.
La directive cadre européenne sur la politique de l’eau, qui reprend le principe éprouvé sur le Rhin d'une gestion intégrée et dont les engagements lient tous les Etats membres de l'UE, entre en vigueur le 22 décembre 2000. La directive cadre sur l'eau a pour objectif d'atteindre le bon état dans tous les cours d'eau d'ici 2015 et le bon potentiel dans les masses d'eau fortement modifiées.
En janvier 2001, la Suisse, qui n'est pas membre de l'UE, se déclare disposée à assister les Etats membres de l'UE à la CIPR dans leurs efforts de coordination au niveau du bassin dans le cadre de leur législation nationale.
Dans le même temps, une plate-forme commune est créée pour la mise en œuvre coordonnée des directives européennes dans le bassin international du Rhin au sein de la CIPR. Cette plate-forme associe les Etats situés dans le bassin du Rhin, le Liechtenstein, l'Autriche et la Belgique (Wallonie) qui ne sont pas Parties contractantes de la CIPR.
Décembre 2000 Entrée en vigueur de la directive cadre communautaire sur la politique de l’eau (2000/60/CE)
Janvier 2001 Conférence ministérielle sur le Rhin 2001 - Décision sur le « Programme pour le développement durable du Rhin - Rhin 2020 » CIPR + WRRL
Janvier 2003 Entrée en vigueur de la Convention pour la Protection du Rhin
Décembre 2006 Entrée en vigueur de la directive sur les eaux souterraines 2006/118/CE
Octobre 2007 Conférence ministérielle sur le Rhin 2007
Novembre 2007 Entrée en vigueur de la directive communautaire sur la gestion des risques d'inondation (2007/60/CE)
Janvier 2009 Entrée en vigueur de la directive 2008/105/CE établissant des normes de qualité environnementale dans le domaine de l'eau (« Substances prioritaires »)
Août 2013 Entrée en vigueur de la directive communautaire portant modification des directives 2000/60/CE et 2008/105/CE sur les substances prioritaires dans le domaine de l'eau
Juin 2014 DIRECTIVE 2014/80/UE DE LA COMMISSION du 20 juin 2014 modifiant l'annexe II de la directive 2006/118/CE du Parlement européen et du Conseil sur la protection des eaux souterraines contre la pollution et la détérioration