On relève des concentrations relativement élevées de composés organochlorés persistants tels que le lindane, l’HCB ou les PCB dans la graisse de phoques et d’oiseaux des régions polaires car ces produits chimiques s’accumulent dans la chaîne alimentaire.
Il a été démontré en laboratoire que le lindane et différents PCB agissaient sur le système endocrinien. Dans les écosystèmes contaminés par de telles substances, des perturbations peuvent apparaître dans la reproduction et la croissance des animaux. On a ainsi observé dans la mer du Nord une tendance à la féminisation chez certaines espèces piscicoles.
L’hexachlorobenzène (HCB) est un sous-produit du pentachlorophénol (PCP) utilisé par le passé comme plastifiant et comme fongicide. Bien que ce polluant organique persistant soit interdit depuis longtemps dans les Etats riverains du Rhin et ne soit plus produit, on le retrouve dans les sédiments du Rhin et dans les anguilles, surtout dans le tronçon du Rhin supérieur.
Les polychlorobyphényls (PCB), utilisés autrefois comme plastifiants dans les matières plastiques, dans les transformateurs et dans les huiles hydrauliques, sont persistants et s’accumulent dans la chaîne alimentaire et dans les sédiments. Quelques anguilles du Rhin à teneur élevée en graisse sont encore trop contaminées par ces substances. En plus des substances mentionnées, certaines autres substances organiques synthétiques micropolluantes peuvent être problématiques. La surveillance de la qualité des eaux du Rhin reste donc une tâche permanente de la politique de protection du Rhin.