Le delta néerlandais du Rhin est désormais franchissable pour les poissons migrateurs. Trois barrages équipés de passes à poisson se trouvent sur le bras d'embouchure Nederrijn-Lek. Avec la réalisation du projet 'Kier', la voie s'ouvre à nouveau depuis le 15 novembre 2018 aux saumons désirant remonter dans la Meuse et le Rhin à partir de la mer du Nord, pour autant que le débit soit suffisant sur la digue du Haringvliet (au sud de Rotterdam). En fonction du débit, une ou plusieurs portes d'écluse restent désormais ouvertes, même à marée haute. Dans l'IJssel, troisième bras du Rhin débouchant en mer du Nord, on travaille aussi intensément au rétablissement de la continuité écologique. Une passe à poisson et une gestion des écluses (de chasse) ichtyocompatible ont été mises en place sur la digue terminale séparant la mer du Nord de l'IJsselmeer. De plus, une rivière de migration des poissons de plusieurs kilomètres est en construction sur ce site.
Entre la frontière germano-néerlandaise (PK Rhin 700) et Iffezheim (au sud de Karlsruhe, PK Rhin 334), le Rhin est sans obstacle pour les poissons.
Le Rhin supérieur entre Iffezheim et Bâle compte de nombreux barrages. Les quatre barrages Iffezheim, Gambsheim, Strasbourg et Gerstheim ont déjà été équipés de passes à poissons.
Pour le compte de la CIPR, le Groupe de projet ORS a accompagné de 2015 à 2020 les travaux de planification d'un système performant de passes à poissons sur le Rhin supérieur à hauteur des barrages suivants de Rhinau, Marckolsheim et Vogelgrun. Son examen a également porté sur des mesures de moindre ampleur à réaliser dans les festons du Rhin supérieur. Les travaux du GP ORS sont désormais achevés et leurs résultats ont été publiés dans un rapport technique (voir rapport CIPR n° 262).
Conformément au nouveau programme Rhin 2040, la continuité doit être rétablie sur les barrages de Rhinau, Marckolsheim et Vogelgrun dans le Rhin supérieur jusqu'aux chutes du Rhin dans le courant des prochaines années.
On renverra au Plan de gestion 2022-2027 coordonné au niveau international du district hydrographique international du Rhin, chapitre 7.1.1.1 (cf. cartes K7, K8, K30 et annexe 7), pour toutes indications plus spécifiques sur l'état de franchissabilité des affluents du Rhin inférieur, du Rhin moyen et du Rhin supérieur septentrional.