Le programme Rhin 2040 a pour objectif la bonne santé de l'écosystème du Rhin, caractérisé par une grande biodiversité et sa continuité pour les migrations animales. Cet objectif central se décline en quatre objectifs partiels à atteindre entre autres au travers des mesures suivantes.
1. Rétablir la continuité écologique
2. Restaurer le réseau de biotopes sur le Rhin
3. Améliorer le régime sédimentaire
4. Stabiliser les conditions de température et d'oxygénation