Un réseau de biotopes se compose de réservoirs de biodiversité et de refuge - à partir desquels les plantes et les animaux peuvent coloniser de nouveaux habitats - ainsi que de structures de raccordement (= passerelles écologiques ou corridors de migration).
L'objectif du programme Rhin 2040 de la CIPR est de préserver, de protéger ou de restaurer les habitats typiques du milieu rhénan, ainsi que d'améliorer sensiblement le réseau de biotopes du Rhin en étendant les réservoirs de biodiversité et en reliant des passerelles écologiques adéquates et de taille suffisante.
En préservant, étendant et restaurant la diversité des habitats aquatiques et semi-aquatiques, ainsi que des habitats terrestres qui y sont raccordés, on enrichit la biodiversité de l'écosystème et on rend celui-ci plus résilient aux impacts du changement climatique.
Les actions en relation avec le réseau de biotopes se fondent sur le plan de « Mise en réseau des biotopes sur le Rhin » (2006). Le cours principal du Rhin est ici l'axe primordial de mise en connexion du bassin et de son écosystème dans son ensemble. Y sont formulés des objectifs concrets de développement pour les différents tronçons du Rhin, des priorités géographiques claires, des propositions d’actions pour relier les huit groupes biotopiques et des actions à engager sur l’ensemble du Rhin pour mettre en place un réseau de biotopes à grande échelle. Cette approche sert simultanément les intérêts de la prévention des inondations, de la nature ainsi que ceux de la protection contre les inondations.
Le recensement de l'état actuel du réseau de biotopes sur tout le cours du Rhin a été effectué pour la première fois en 2020 principalement par télédétection numérique (Rapport CIPR n° 284). En s'appuyant sur les données satellitaires du programme européen Copernicus, il a été possible de classifier les différents groupes biotopiques d'une grande partie du champ alluvial du Rhin. La méthode appliquée permet à l'avenir de réaliser à intervalles réguliers et avec un meilleur rapport coûts/efficacité des monitorings systématiques semi-automatisés de certains GB du réseau de biotopes.
On appelle renaturation ou restauration de cours d’eau les opérations consistant à rétablir le réseau écologique source-ruisseau-rivière-lit-plaine alluviale-eaux souterraines et à supprimer les aménagements rigides transversaux et longitudinaux.
Ces opérations de restauration accroient simultanément la rétention des eaux, ce qui améliore la prévention des inondations.