La mise sous protection de nombreuses zones dépendantes du milieu aquatique dans le bassin du Rhin contribue, de même que d’autres mesures de protection, à préserver voire à rétablir l’équilibre naturel du système rhénan.
Il existe dans le bassin du Rhin
À côté de la mer des Wadden, les cours d’eau disposant d'habitats de bonne qualité pour le frai et le grossissement de juvéniles de poissons migrateurs (rivières prioritaires du Plan directeur 'Poissons migrateurs') revêtent une importance suprarégionale.