Dans presque tout le bassin du Rhin, les eaux souterraines sont présentes en quantité suffisante. Des problèmes de niveau de nappe ne sont constatés que dans le bassin Sarre-Moselle et le Rhin inférieur, notamment dans les régions minières où les niveaux sont déjà affaissés (voir carte 22 du plan de gestion 2021).
La situation est plus critique pour l’état chimique des eaux souterraines (voir cartes 24 et 25 du plan de gestion 2021). Ce risque menace une partie des eaux souterraines sur tout le bassin du Rhin. Les eaux souterraines peuvent être localement contaminées par des pollutions historiques ou des accidents impliquant des substances dangereuses pour les eaux. Les pressions à plus grande échelle, comme celles dues en particulier aux nitrates et aux produits phytosanitaires utilisés sur les surfaces agricoles, sont beaucoup plus problématiques. Pour éviter ou au moins réduire le lessivage des nitrates, il s’impose de perfectionner les applications agricoles. Cette remarque s’applique également aux utilisations de produits phytosanitaires.