Dans le volet agricole, les mesures de protection des eaux englobent par ex. les bandes riveraines de protection, l’enherbement des interlignes dans la culture du maïs et de la vigne et la plantation de haies sensées retenir l’érosion et le lessivage des surfaces à exploitation intensive et empêcher l’entraînement par le vent des engrais et des produits phytosanitaires. Il convient, dans la plus grande mesure possible, de transformer les champs labourés dans le milieu alluvial par des prairies permanentes et les surfaces longeant les berges par des bandes végétales riveraines.
On préférera l’exploitation de prairies permanentes à celle de cultures labourées dans les zones alluviales car le transport vers ces zones de l’humus lessivé sur les pâturages et les prairies est minime par rapport à celui des champs labourés. De nombreux ruisseaux ont subi des aménagements rigides par le passé pour les besoins de protection des champs contre les inondations. L’expérience montre aujourd’hui que ce type d’intervention est à éviter et qu’un retour à l’état initial est conseillé en tout lieu possible.