Les poissons reflètent la contamination des sédiments et de l’écosystème aquatique dans son ensemble et en particulier l’accumulation de polluants dans la chaîne alimentaire.
La CIPR a réalisé en 2014 et 2015 un premier programme d'analyse commun (rapport CIPR n° 216) sur la contamination du biote (poissons) par des polluants dans le bassin du Rhin. L'évaluation de ce projet pilote a été réalisée par le Fraunhofer Institut en coopération avec la CIPR. Le rapport CIPR n° 252 donne un premier aperçu comparatif des pressions actuelles exercées sur le biote dans le bassin du Rhin.
On note que la pression exercée par le mercure est supérieure à la norme de qualité environnementale (NQE) pour le biote dans la plupart des stations d'analyse. Pour le sulfonate de perfluorooctane (PFOS), on observe également un dépassement de la NQE pour au moins une espèce piscicole. La NQE appliquée aux dioxines, furanes et polychlorobiphényles (PCB) de type dioxine est respectée dans les stations ayant analysé ces substances. Les diphényléthers polybromés (PBDE) dépassent nettement la NQE correspondante dans tous les échantillons. La concentration du retardateur de flamme bromé hexabromocyclododécane (HBCDD) est toujours très inférieure à la NQE.
L'évaluation montre que les propositions d'analyse devraient également être adaptées sur la base des expériences acquises. Dans le cadre des analyses du biote prévues sur leur territoire, les États peuvent utiliser ce projet remanié pour que les résultats soient comparables à l'avenir également (rapport CIPR n° 259).
La contamination du biote est aussi analysée dans le cadre du Plan de gestion coordonnée au niveau international. Le Plan de gestion 2022-2027 met en évidence des dépassements à grande échelle, voire systématiques, de la NQE dans le biote, en particulier pour le mercure, les diphényléthers bromés, l'heptachlore et l'époxyde d'heptachlore, le fluoranthène et le PFOS, substances considérées pour la plupart comme ubiquistes. La directive 2013/39/UE désigne comme « ubiquistes » quelques « substances persistantes, bioaccumulables et toxiques (PBT) ainsi que d’autres substances se comportant comme des substances PBT ». Ceci signifie que ces substances sont présentes dans le milieu aquatique depuis plusieurs décennies et en quantités susceptibles de constituer un risque élevé, même si des mesures de grande ampleur ont déjà été prises pour réduire ou éliminer leurs émissions.