L'objectif global affiché dans le programme Rhin 2040 est d'abaisser les risques d'inondation d'au moins 15 % d'ici 2040 par rapport à 2020 sur le Rhin et sur ses grands affluents, bien que les risques d'inondation soient aggravés par le changement climatique et que la population augmente dans le même temps le long du Rhin. Ici, sept objectifs partiels ont été formulés et doivent être atteints entre autres au travers des mesures suivantes.
1. Améliorer régulièrement les prévisions de crues
2. Mettre en œuvre les mesures d'abaissement des niveaux d'eau
3. Fixer et réserver les sites pouvant héberger d'autres espaces adéquats pour la rétention des crues
4. Tirer parti des synergies entre protection contre les inondations et écologie
5. Préserver les zones inondables non urbanisées
6. Garantir un mode de construction adapté au risque d'inondation
7. Renforcer la conscience du risque