1986 - 2000
L'accident de Sandoz et la prise de conscience croissante des populations ouvrent une ère de travail intense et de succès pour la CIPR.
Trois Conférences ministérielles sont convoquées en très peu de temps et débouchent sur l'adoption en 1987 du Programme d'Action Rhin. Ce programme a pour objectif d'améliorer la qualité de l'eau de sorte que des espèces piscicoles jadis présentes dans le Rhin, le saumon par exemple, puissent s'y réimplanter. Le Programme d'Action Rhin débouche sur des exigences nettement plus strictes pour les stations d'épuration urbaines et industrielles et sur l'introduction de la 3ème phase d'épuration pour éliminer le phosphore et les nitrates. Le premier bilan dressé en 1992 fait apparaître d'énormes réductions de polluants. L'amélioration de la qualité chimique des eaux doit simultanément permettre de restaurer l'écosystème dans son ensemble et de renforcer la faune et la flore.
A la suite de deux inondations dramatiques à Noël 1993 et en janvier/février 1995 sur le Rhin moyen, le Rhin inférieur et le delta du Rhin, les ministres de l'Environnement de l'UE chargent la CIPR d'élaborer un Plan d'Action contre les Inondations.
Entre 1987 et 1999, la CIPR développe ainsi une gestion globale des eaux au niveau transfrontalier qui intègre les aspects qualitatifs et quantitatifs des eaux de surface et des eaux souterraines et sert depuis d'exemple à de nombreux bassins fluviaux dans le monde entier.
Cette approche de gestion associe l'industrie, l'agriculture, la navigation, l'énergie et les communes à la protection des eaux car tous les usages ont des impacts sur l'état et la quantité d'eau du Rhin. Les représentants des différents secteurs sont entre autres motivés par la demande forte des populations de voir le secteur économique prendre ses responsabilités vis-à-vis de l'écologie.
Les nouveaux objectifs sont tous pris en compte dans la nouvelle Convention sur le Rhin (1999) dont le titre « Convention pour la Protection du Rhin » reflète déjà en soi l'approche d'une gestion globale et intégrée des bassins.
1986 Deux réunions ministérielles pour définir les lignes directrices du Programme d’Action Rhin
1987 Décision ministérielle sur la mise en œuvre du Programme d’Action Rhin
1994 Décision ministérielle sur les lignes directrices d'une nouvelle Convention sur le Rhin
1995 Mandat ministériel sur la mise au point d’un « Plan d’Action contre les Inondations »
1998 Conférence ministérielle sur le Rhin, adoption du Plan d’Action contre les Inondations, approbation du texte de la nouvelle Convention sur le Rhin
1999 Signature de la nouvelle Convention sur le Rhin