Zahlreiche wasserabhängige Schutzgebiete im Rheineinzugsgebiet tragen zusammen mit weiteren Schutzmaßnahmen dazu bei, die Leistungsfähigkeit des Naturhaushalts des Rheinsystems zu erhalten und, wo nötig, wiederherzustellen.
Im Einzugsgebiet des Rheins befinden sich
Neben dem Wattenmeer sind die Gewässer, die gute Laich- und Jungfischlebensräume für Wanderfische aufweisen (Programmgewässer des Masterplans Wanderfische), von überregionaler Bedeutung.