Zur Verbesserung des Ökosystems Rhein fordert das IKSR-Programm "Rhein 2040" das ehemals vorhandene Netz rheintypischer Biotope (Biotopverbund) und die ökologische Durchgängigkeit des Rheins vom Bodensee bis zur Nordsee sowie die Durchgängigkeit der im Wanderfischprogramm enthaltenen Nebenflüsse wieder herzustellen. Im Einzelnen formuliert Rhein 2040 folgende Ziele:
Konkret sollen bis 2040 200 km² Überschwemmungsgebiet am Rhein und in der Rheinniederung reaktiviert sowie 100 Altarme und Nebengewässer wieder an den Rhein angebunden und die Strukturvielfalt an 400 km Ufer erhöht werden.
Vor allem die vielfältigen Ausbaumaßnahmen am Rhein selbst und an fast allen Nebenflüssen für Schifffahrt, Wasserkraftgewinnung und Hochwasserschutz haben die hydrologischen und morphologischen Verhältnisse in der Vergangenheit grundlegend verändert. Das Abschneiden von mehr als 85 Prozent der Auen an Ober- und Niederrhein hat zu einem immensen Verlust an Lebensräumen und an Rhein-typischen Tier- und Pflanzenarten geführt.