Ziel des Programms „Rhein 2040“ ist ein gesundes Ökosystem Rhein, das eine hohe Artenvielfalt aufweist und für Tiere passierbar ist. Dazu wurden vier Teilziele formuliert, die unter anderem durch die nachfolgend aufgeführten Maßnahmen umgesetzt werden sollen.
1. Ökologische Durchgängigkeit wiederherstellen
2. Biotopverbund am Rhein wiederherstellen
3. Sedimenthaushalt verbessern
4. Temperatur- und Sauerstoffverhältnisse stabilisieren