Robben und Vögel der Polarregionen enthalten im Körperfett relativ hohe Konzentrationen langlebiger chlororganischer Verbindungen, wie Lindan, HCB und PCBs, weil diese Chemikalien sich im Nahrungsnetz anreichern.
Lindan und verschiedene PCBs haben sich im Labor als hormonal wirksam erwiesen. Ökosysteme, die mit solchen Substanzen belastet sind, können Störungen der Fortpflanzung und Entwicklung bei Tieren zeigen. In der Nordsee wurde eine Geschlechtsverschiebung bei bestimmten Fischarten hin zu weiblichen Tieren beobachtet.
Hexachlorbenzol (HCB) entstand vor allem bei der Produktion von Pentachlorphenol (PCP) als Nebenprodukt und wurde früher als Weichmacher und zur Pilzbekämpfung eingesetzt. Obwohl der langlebige organische Schadstoff in den Rheinanliegerstaaten längst verboten ist und nicht mehr produziert wird, findet er sich in den Rheinsedimenten und in Aalen vor allem am Oberrhein.
Polychlorierte Biphenyle (PCBs) wurden früher als Weichmacher in Kunststoffen, in Transformatoren und in Hydraulikölen gebraucht. Sie sind langlebig und reichern sich in Nahrungsketten und Sedimenten an. Einige fettreiche Rhein-Aale sind noch zu hoch belastet.
Außer den genannten können weitere synthetische organische Stoffe wie zum Beispiel die Mikroverunreinigungen problematisch sein oder werden. Die Überwachung der Rheinwasserqualität bleibt somit ständige Aufgabe des Gewässerschutzes am Rhein.