Het ICBR-programma “Rijn 2040“ vereist dat het vroegere netwerk van voor de Rijn kenmerkende biotopen (biotoopnetwerk), de ecologische passeerbaarheid van de Rijn van het Bodenmeer tot de Noordzee en de passeerbaarheid van de zijrivieren die deel uitmaken van het trekvisprogramma worden hersteld, teneinde het ecosysteem van de Rijn te verbeteren. In het programma Rijn 2040 zijn de volgende doelen opgenomen:
Concreet zal er voor 2040 200 km2 aan uiterwaarden aan de Rijn en in de Rijnvlakte worden hersteld, zullen 100 strangen en nevenwateren opnieuw worden aangetakt aan de Rijn en zal de structuurrijkdom in de oeverzone van de Rijn over 400 km worden vergroot.
Vooral de vele waterbouwkundige maatregelen die aan de Rijn zelf en aan bijna alle zijrivieren hebben plaatsgevonden ten behoeve van de scheepvaart, de opwekking van hydro-elektriciteit en de bescherming tegen hoogwater hebben de vroegere hydrologische en morfologische omstandigheden ingrijpend veranderd. Het aftakken van meer dan 85 procent van de uiterwaarden in de Duits-Franse Bovenrijn en de Duitse Nederrijn heeft ertoe geleid dat enorm veel leefgebied is verloren gegaan en dat voor de Rijn kenmerkende planten en dieren zijn verdwenen.