In en op de waterbodem van de Rijn leven veel kleine dieren, zoals mosdiertjes, insecten, weekdieren, kreeften, bloedzuigers, trilhaarwormen en zoetwatersponzen. Ze zijn nog net zichtbaar met het blote oog en worden daarom “macrozoöbenthos” genoemd. Sinds 1990 wordt de macrozoöbenthospopulatie tussen het Bodenmeer en de Noordzee op gezette tijden geïnventariseerd door de ICBR.
Door de afname van de hoeveelheid afvalwater als gevolg van de bouw van waterzuiveringsinstallaties en door de daarmee gepaard gaande toename van het zuurstofgehalte in het Rijnwater is ook het soortenaantal van het macrozoöbenthos weer duidelijk gestegen.
In 2018 zijn er ruim vijfhonderd soorten waargenomen in de Rijn van de Alpen tot de Noordzee.
In de jaren tachtig en negentig van de twintigste eeuw ging de soortendiversiteit van het macrozoöbenthos steil omhoog dankzij de gestage verbetering van de waterkwaliteit van de Rijn, maar ongeveer sinds 2006 wordt er een tegengestelde ontwikkeling waargenomen. Vooral de fauna van aquatische insecten was tussen 1995 en 2000 veel diverser dan nu. Deze trend kan worden verklaard door de komst van invasieve, uitheemse soorten schelpdieren, slakken en kleine kreeften, die via kanalen en met schepen uit het Zwarte Zeegebied, Noord-Amerika en Azië het Rijngebied zijn binnengekomen. Hoe stabiel deze trend is, kan vooralsnog maar moeilijk worden voorspeld. Sinds 2012 is er evenwel een lichte toename in het gemiddelde aantal soorten te zien, die ook gepaard gaat met het herstel van een aantal typische soorten voor de Rijn, zoals de kokerjuffers Hydropsyche sp. en Psychomyia pusilla.
Meer informatie over het macrozoöbenthos in de Rijn vindt u in ICBR-rapport 276.