De natuurlijke troebelheid van rivieren als gevolg van zwevende stoffen wordt vaak verkeerd geïnterpreteerd als vervuiling. De echte boosdoeners zijn de schadelijke stoffen die aan zwevend stof adsorberen en het verontreinigen. Deze stoffen komen hetzij in opgeloste vorm, hetzij aan deeltjes gebonden via de atmosfeer, door afspoeling, uitspoeling of erosie in de Rijn terecht. Daarnaast wordt bij hoogwater of baggerwerkzaamheden ook historisch verontreinigd sediment opgewerveld en vervolgens stroomafwaarts vervoerd.
De hoeveelheid schadelijke stoffen die met het zwevend stof wordt getransporteerd, maakt een groot deel uit van de totale hoeveelheid organische en anorganische stoffen die de Rijn vervoert.
In 2009 heeft de ICBR een Sedimentmanagementplan opgesteld om de verontreiniging van het zwevend stof en bijgevolg ook de sedimentvervuiling te verminderen.
Er zal daarnaast voor 2027 een concept worden opgesteld voor een kwantitatief sedimentmanagement.
Het HCB (hexachloorbenzeen) dat in de Rijn wordt gemeten is hoofdzakelijk afkomstig van een chemisch bedrijf bij Rheinfelden, dat inmiddels is stilgelegd, maar waar HCB als bijproduct ontstond. Hoewel deze persistente organische schadelijke stof allang verboden is in de Rijnoeverstaten, wordt ze vooral in de Duits-Franse Bovenrijn nog steeds aangetroffen in zwevend stof, sediment en vissen. Tussen de Duits-Franse Bovenrijn (Weil am Rhein) en de Duits-Nederlandse grens bij Bimmen-Lobith nemen de HCB-gehaltes af.
Lood (Pb) kwam in de vorm van tetra-ethyllood - dat vroeger als antiklopmiddel werd gebruikt in benzine - via uitlaatgassen en de atmosfeer in de Rijn terecht. Begin jaren negentig van de vorige eeuw is tetra-ethyllood vanwege zijn toxiciteit vervangen door een andere stof en sindsdien neemt het loodgehalte in het zwevend stof continu af. Stoffen die net als lood via de atmosfeer worden geëmitteerd, accumuleren stroomafwaarts in zwevend stof.