La composition, l'abondance et la structure d'âge des poissons sont des indicateurs de la qualité à grande échelle d'habitats importants pour les différents stades de vie et du degré de continuité des cours d'eau. Les modifications du régime hydrologique (retenue, prélèvement, dérivation) et les pressions thermiques ont un impact sur la composition des espèces. Dans le cadre du programme « Rhin 2020 », la faune piscicole a été analysée en 2012 et 2013 sur l’ensemble du cours du Rhin. Avec 64 espèces au total (y compris les cyclostomes tels que la lamproie fluviatile et la lamproie marine), la faune piscicole est aujourd'hui diversifiée. Toutes les espèces rhénanes historiques ont été identifiées à l'exception de l'esturgeon atlantique.
