De soortensamenstelling, abundantie en leeftijdsopbouw van de visfauna weerspiegelen de grootschalige aanwezigheid van belangrijke habitatstructuren voor verschillende levensstadia en de passeerbaarheid van de wateren. Ook afvoerveranderingen (opstuwing, onttrekking, omleiding) en thermische belastingen beïnvloeden de soortensamenstelling. In 2012 en 2013 is er in het kader van het programma “Rijn 2020” over de volledige lengte van de Rijn onderzoek gedaan naar visfauna. De soortendiversiteit van de visfauna in de Rijn is vandaag de dag groot: er komen in totaal 64 vissoorten voor (inclusief rondbekken, zoals zee- en rivierprikken) en alle historisch gedocumenteerde soorten, behalve de Atlantische steur, kunnen worden aangetoond.
