Der Phytoplanktonbestand des Rheins vom Bodensee bis zum Deltagebiet wurde 2006/07 im Rahmen des Programms „Rhein 2020“ untersucht. Das Monitoringprogramm war so konzipiert, dass es auch den Anforderungen der EG-Wasserrahmenrichtlinie genügte, den ökologischen Zustand des Rheins anhand des Phytoplanktons (und anderer Biokomponenten) zu bewerten. Den weitaus größten Anteil an der Planktonbiomasse – örtlich > 90% - bilden centrische Diatomeen; weitere wichtige Algengruppen sind Cryptomonaden und Chlorophyceen.