In 2006 en 2007 is in het kader van het programma “Rijn 2020” onderzoek gedaan naar het fytoplanktonbestand in de Rijn tussen het Bodenmeer en het Deltagebied. Het monitoringprogramma was zodanig opgezet dat het voldeed aan de eisen van de EG-Kaderrichtlijn Water betreffende de beoordeling van de ecologische toestand van de Rijn op basis van het fytoplankton (en andere biologische elementen). Verreweg het grootste deel van de planktonbiomassa - lokaal > 90% - wordt gevormd door de centrische diatomeeën; belangrijke algengroepen zijn verder de cryptomonaden en de groenalgen.
