Le phytoplancton du Rhin a été analysé en 2006/07 dans le cadre du programme « Rhin 2020 » du lac de Constance jusqu’à la zone deltaïque. Le programme de surveillance a été conçu de telle manière qu’il réponde également aux dispositions de la directive cadre sur l’eau prescrivant d’évaluer l’état écologique du Rhin à l’aide du phytoplancton (et d’autres éléments de qualité biologique). La masse bioplanctonique est très largement dominée, à certains endroits pour plus de 90%, par les diatomées centriques, mais l’on relève également comme groupes algaux importants les cryptomonades et les chlorophycées.
