Als Plankton werden im Wasser schwebende, meist mikroskopisch kleine Organismen bezeichnet. Einzellige Algen, das sogenannte Phytoplankton, stellen hier meistens den Hauptanteil der aquatischen Vegetation. Das Phytoplankton des Rheins vom Bodensee bis zum Deltagebiet wurde 2012 im Rahmen des Rheinmessprogramms Biologie untersucht. Die Phytoplanktonbiomasse war im Jahr 2012 etwas höher als während der Monitoringprogramme der Jahre 2000 und 2006/2007. Im Langzeittrend bleibt allerdings die Phytoplanktonbiomasse, verglichen mit den Daten der 1980er Jahre, auf niedrigem Niveau.