On entend par plancton des organismes de taille le plus souvent microscopique et flottant dans l’eau. Les algues unicellulaires qui forment le phytoplancton constituent le plus souvent la majeure partie de la végétation aquatique. Le phytoplancton du Rhin a été analysé en 2012 dans le cadre du programme d'analyse biologique 'Rhin' depuis le lac de Constance jusqu’à la zone deltaïque. La biomasse phytoplanctonique est légèrement plus élevée en 2012 que dans le cadre des programmes de suivi effectués en l'an 2000 ainsi qu'en 2006/2007. Considérée dans le long terme, l'évolution de la biomasse planctonique reste en tendance à un niveau bas par rapport aux données des années 1980.
